В align если & не расставлены ставить их перед началом следующей строки и в позиции над ней:
\begin{align*}
a + b &= c \\
&= d + e
\end{align*}
Это делать, видимо, придётся на стороне Haskell, а в gentex-определение подсовывать магию какую-то. Т. е.
@Prefs
> = @TexBeginEnd align* @Math @AlignMagic
пока не придумал лучшего способа оформить это в рамках простого языка.