python-lectures/notebooks/solutions/geneticcode.py at master · chpc-uofu/python-lectures · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
"""
geneticcode.py defines the standard DNA codon table for eukaryotes.
Data from Wikipedia: https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_codon_table
"""
codons = {
    'GCT':'A',
    'GCC':'A',
    'GCA':'A',
    'GCG':'A',
    'TTA':'L',
    'TTG':'L',
    'CTT':'L',
    'CTC':'L',
    'CTA':'L',
    'CTG':'L',
    'CGT':'R',
    'CGC':'R',
    'CGA':'R',
    'CGG':'R',
    'AGA':'R',
    'AGG':'R',
    'AAA':'K',
    'AAG':'K',
    'AAT':'N',
    'AAC':'N',
    'ATG':'M',
    'GAT':'D',
    'GAC':'D',
    'TTT':'F',
    'TTC':'F',
    'TGT':'C',
    'TGC':'C',
    'CCT':'P',
    'CCC':'P',
    'CCA':'P',
    'CCG':'P',
    'CAA':'Q',
    'CAG':'Q',
    'TCT':'S',
    'TCC':'S',
    'TCA':'S',
    'TCG':'S',
    'AGT':'S',
    'AGC':'S',
    'GAA':'E',
    'GAG':'E',
    'ACT':'T',
    'ACC':'T',
    'ACA':'T',
    'ACG':'T',
    'GGT':'G',
    'GGC':'G',
    'GGA':'G',
    'GGG':'G',
    'TGG':'W',
    'CAT':'H',
    'CAC':'H',
    'TAT':'Y',
    'TAC':'Y',
    'ATT':'I',
    'ATC':'I',
    'ATA':'I',
    'GTT':'V',
    'GTC':'V',
    'GTA':'V',
    'GTG':'V',
    'TAA':'*',
    'TGA':'*',
    'TAG':'*',
}