Este projeto utiliza a técnica de Metagenômica Shotgun para investigar o DNA total de amostras de solo de restinga e manguezais brasileiros. O objetivo atual é extrair insights de quais tipos de informações podemos extrair dessas amostras.
| Foco | Banco de Dados / Ferramenta | Relação com os Dados (Reads/Contigs) |
|---|---|---|
| Metabólitos Secundários | antiSMASH: Detecção e predição de BGCs (PKS, NRPS, etc.). | Aplicado a contigs (fragmentos montados) para encontrar clusters completos. |
| Novidade Biossintética | MIBiG: Comparação de BGCs preditos com BGCs já conhecidos. | Avalia o potencial de ineditismo dos compostos encontrados. |
| Resistência a Metais/Biocidas | BacMet: Genes de resistência a metais pesados e biocidas. | Mapeamento dos reads para quantificar o pool de resistência a contaminantes ambientais. |
| Resistência a Antibióticos | CARD (Comprehensive ARG Database) / ResFinder. | Mapeamento dos reads para identificar e quantificar Genes de Resistência a Antibióticos (ARGs). |
| Elementos Móveis (MGEs) | MGEfinder. | Busca de sequências que indicam mobilidade genética, correlacionando com ARGs e BGCs. |
| Clima Histórico | WorldClim, Plataformas Climáticas do INMET. | Temperatura média anual, precipitação (relevante para a sazonalidade e drenagem do mangue/restinga). |
| Mapeamento e Uso do Solo | MapBiomas,INPE,Google Earth Engine | Avaliar o grau de antropização (urbano, agrícola, industrial) no raio de influência da amostra. |
| Variação de Maré | Marinha BR: Tábuas de Maré e modelos hidrográficos. | Estimar a frequência e o tempo de inundação (hidroperiodo), que afeta o Eh e a salinidade. |
| Relevo e Drenagem | SRTM | Determinar a microtopografia do local, que afeta a retenção de água e a hidrologia local. |