erreme.github.io ou erre.me

Este é o repositório com o código fonte de todos os arquivos do site, incluindo as páginas com o conteúdo do curso.

O site é construído com o Octopress, que por sua vez é baseado no Jekyll, e hospedado no GitHub.

Instruções de instalação e modificação

Para instalação e utilização básica do Octopress, siga os passos de configuração inicial descritos aqui.

Para criar uma nova página com conteúdo, faça

rake new_page[nome]

Isto irá criar um novo diretório dentro de source, por exemplo source/nome com um arquivo index.markdown. Como vamos usar o knitr para escrever em R Markdown e converter para Markdown, deveríamos simplesmente renomear este arquivo para index.Rmd e editar normalmente. No entanto, na hora de construir o site, o Jekyll vai tentar interpretar este arquivo (com extensão .Rmd) como se fosse um .md e a página não será convertida para HTML. (Mesmo depois de existir um arquivo .md gerado corretamente pelo knitr).

Para contornar este problema, renomeie o arquivo index.markdown para index.Rmk (ao invés de index.Rmd), ou seja,

mv source/nome/index.markdown source/nome/index.Rmk

Dessa forma, o Jekyll não vai se preocupar coom esse arquivo .Rmk e irá processar o arquivo .md gerado pelo knitr. O inconveniente disso é que a extensão usual para arquivos RMarkdown é Rmd e alguns editores não vão reconhecer esse extensão apropriadamente. No Emacs, usando o polymode isto é fácil de contornar, veja por exemplo esse .emacs.

Finalmente, para converter esse arquivo .Rmk para .md utilizando o knitr, fazemos (no R):

library(knitr)
knit("index.Rmk", "index.md")

Dessa forma, o site agora pode ser gerado normalmente.

NOTA: este problema com a extensão do arquivo Rmd tem outras soluções, como podem ser vistas no blog de Jason Bryer.

Padrões do knitr para arquivos .Rmk (.Rmd)

Depois de renomear o arquivo para index.Rmk, mantenha o header padrão do YAML gerado automaticamente (que já está lá), e logo abaixo inclua estas configurações globais para o knitr:

{r setup, include=FALSE, cache=FALSE}
opts_chunk$set(fig.path = "../images",
               fig.align = "center",
               fig.width = 8,
               fig.height = 6,
               out.width=".8\\textwidth",
               prompt = FALSE,
               comment = NA,
               tidy = FALSE,
               cache = TRUE)

De todas estas opções, a principal (e obrigatória!) é a fig.path = "../images" que fará com que todas as figuras geradas sejam salvas automaticamente no diretório source/images, que é aonde o Jekyll vai procurar as imagens para incluir no site.

Se não houver essa opção, as figuras são salvas no diretório figures, no local padrão (nesse caso em source/nome/figures) e o Jekyll não encontrará a figura.

NOTA: Ver se existe a possibilidade de alterar o padrão do Jekyll.

Licença

Octopress possui licença MIT.

O conteúdo do site é

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