Feature/show tables by kassy11 · Pull Request #25 · kassy11/paper_interpreter

kassy11 · 2023-11-27T04:42:56Z

Summary by CodeRabbit

新機能
- プルリクエストとコメントに関連するイベントでトリガーされるGitHub Actionsワークフローを追加しました。
- Dockerfileにおいて、システム依存関係を更新し、Python環境をセットアップしました。
- 文書解析機能を強化し、図表と表の抽出機能を追加しました。
改善点
- パッケージ依存関係を更新し、新しいライブラリを追加しました。
その他
- .gitignoreに特定の画像ファイルを無視するパターンを追加しました。

coderabbitai · 2023-11-27T04:43:02Z

Walkthrough

プロジェクト全体の変更内容を要約すると、GitHub Actionsワークフローの追加、.gitignoreの更新、Docker環境の変更、依存関係の追加と更新、およびソースコードの機能拡張が行われました。特に、OpenAIの言語モデルを使用してコードレビューを自動化するためのワークフローが追加され、画像と表の抽出機能が強化されています。

Changes

ファイル	変更内容
`.github/workflow/...` `.gitignore`	GitHub Actionsワークフロー`ai-pr-reviewer.yml`を追加し、プルリクエストとコメントに関連するイベントでトリガーされるように設定。また、`.gitignore`に`figure.png`と`table.png`のパターンを追加して無視するファイルを指定。
`Dockerfile`	ベースイメージを`ubuntu:22.04`に更新し、タイムゾーンを`Asia/Tokyo`に設定。さらに、`ffmpeg`、`libsm6`、`libxext6`、`libgl1`、`libglib2.0-0`などのシステム依存関係をインストールし、Python 3.10、pip、ghostscript、python3-tkを追加。
`requirements.txt`	依存関係に`matplotlib==3.7.2`、`ghostscript==0.7`、`camelot-py==0.11.0`、`dataframe-image==0.2.2`、`opencv-python==4.8.1.78`を追加し、`langchain`のバージョンを`0.0.327`に更新。
`src/paper.py`	関数名を`_extract_images`から`_extract_figures`に変更し、`_extract_figures`の`max_num`を5から10に増加。新しい関数`_extract_tables`を追加し、`read`関数を修正して画像と表の結果を組み合わせる。

🐰✨
コードの森を駆ける兎、新たなツールを手に入れた
データの海を泳ぎ、図と表を網で捕らえる
レビューの風が吹き、自動化の花が咲く
進化するプロジェクト、兎も跳ねて喜ぶ

Tips

Chat with CodeRabbit Bot (`@coderabbitai`)

If you reply to a review comment from CodeRabbit, the bot will automatically respond.
To engage with CodeRabbit bot directly around the specific lines of code in the PR, mention @coderabbitai in your review comment
Note: Review comments are made on code diffs or files, not on the PR overview.
Add @coderabbitai ignore anywhere in the PR description to prevent this PR from being reviewed.

CodeRabbit Commands (invoked as PR comments)

@coderabbitai pause to pause the reviews on a PR.
@coderabbitai resume to resume the paused reviews.
@coderabbitai review to trigger a review. This is useful when automatic reviews are disabled for the repository.
@coderabbitai resolve resolve all the CodeRabbit review comments.
@coderabbitai help to get help.

Note: For conversation with the bot, please use the review comments on code diffs or files.

CodeRabbit Configration File (`.coderabbit.yaml`)

You can programmatically configure CodeRabbit by adding a .coderabbit.yaml file to the root of your repository.
The JSON schema for the configuration file is available here.
If your editor has YAML language server enabled, you can add the path at the top of this file to enable auto-completion and validation: # yaml-language-server: $schema=https://coderabbit.ai/integrations/coderabbit-overrides.v2.json

coderabbitai

Review Status

Actionable comments generated: 5

Configuration used: CodeRabbit UI

Commits

Files that changed from the base of the PR and between b27220f and 74998d8.

Files ignored due to filter (1)

docker-compose.yml

Files selected for processing (5)

.github/workflow/ai-review.yaml (1 hunks)
.gitignore (1 hunks)
Dockerfile (1 hunks)
requirements.txt (1 hunks)
src/paper.py (3 hunks)

Files skipped from review due to trivial changes (1)

.gitignore

Additional comments: 4

requirements.txt (1)

1-12: 新しい依存関係が追加され、langchainのバージョンが更新されました。プロジェクトの要件に合わせて、これらの依存関係が必要かどうかを確認してください。また、これらのパッケージが相互に互換性があるかどうかのテストも行うことをお勧めします。

src/paper.py (3)

84-90: _extract_figures関数のmax_numパラメータが5から10に増加しました。この変更により、ドキュメントからより多くの図を抽出できるようになります。

132-143: 新しい関数_extract_tablesが追加され、camelotライブラリとdataframe_imageライブラリを使用してテーブルを抽出します。

146-154: read関数が変更され、_extract_figuresと_extract_tablesの両方を呼び出し、その結果をpaper_imagesに結合するようになりました。

coderabbitai · 2023-11-27T04:46:23Z

Dockerfile

+RUN apt-get update
+RUN apt-get install -y ffmpeg libsm6 libxext6 libgl1 libglib2.0-0
+
+RUN apt update
+RUN apt install -y python3.10
+RUN apt install -y python3-pip
+RUN apt install -y ghostscript python3-tk


Dockerfileの最適化のために、apt-get updateとapt updateのコマンドを統合し、apt-get installとapt installを一貫して使用することをお勧めします。また、インストールコマンドを一つのRUNコマンドに組み合わせることで、Dockerイメージのレイヤー数を減らすことができます。

- RUN apt-get update - RUN apt-get install -y ffmpeg libsm6 libxext6 libgl1 libglib2.0-0 - RUN apt update - RUN apt install -y python3.10 - RUN apt install -y python3-pip - RUN apt install -y ghostscript python3-tk + RUN apt-get update && apt-get install -y \ + ffmpeg \ + libsm6 \ + libxext6 \ + libgl1 \ + libglib2.0-0 \ + python3.10 \ + python3-pip \ + ghostscript \ + python3-tk

Committable suggestion

❗ IMPORTANT
Carefully review the code before committing. Ensure that it accurately replaces the highlighted code, contains no missing lines, and has no issues with indentation.

Suggested change

RUN apt-get update

RUN apt-get install -y ffmpeg libsm6 libxext6 libgl1 libglib2.0-0

RUN apt update

RUN apt install -y python3.10

RUN apt install -y python3-pip

RUN apt install -y ghostscript python3-tk

RUN apt-get update && apt-get install -y \

ffmpeg \

libsm6 \

libxext6 \

libgl1 \

libglib2.0-0 \

python3.10 \

python3-pip \

ghostscript \

python3-tk

coderabbitai · 2023-11-27T04:46:23Z

.github/workflow/ai-review.yaml

+jobs:
+  review:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    if: (github.event_name == 'issue_comment' && contains(github.event.comment.body, '[run review]') && github.event.issue.pull_request) ||　(github.event_name == 'pull_request_review_comment' && contains(github.event.comment.body, '[run review]')) || (github.event_name == 'pull_request' && !contains(github.event.pull_request.title, 'release') && !contains(github.event.pull_request.title, 'Release'))


if 条件の中に不要な全角スペースが含まれています。これはGitHub Actionsのパーサーによってエラーが発生する可能性があります。修正する必要があります。

- ||　(github.event_name == 'pull_request_review_comment' && contains(github.event.comment.body, '[run review]')) || (github.event_name == 'pull_request' && !contains(github.event.pull_request.title, 'release') && !contains(github.event.pull_request.title, 'Release')) + || (github.event_name == 'pull_request_review_comment' && contains(github.event.comment.body, '[run review]')) || (github.event_name == 'pull_request' && !contains(github.event.pull_request.title, 'release') && !contains(github.event.pull_request.title, 'Release'))

Committable suggestion

❗ IMPORTANT
Carefully review the code before committing. Ensure that it accurately replaces the highlighted code, contains no missing lines, and has no issues with indentation.

Suggested change

if: (github.event_name == 'issue_comment' && contains(github.event.comment.body, '[run review]') && github.event.issue.pull_request) ||　(github.event_name == 'pull_request_review_comment' && contains(github.event.comment.body, '[run review]')) || (github.event_name == 'pull_request' && !contains(github.event.pull_request.title, 'release') && !contains(github.event.pull_request.title, 'Release'))

if: (github.event_name == 'issue_comment' && contains(github.event.comment.body, '[run review]') && github.event.issue.pull_request) || (github.event_name == 'pull_request_review_comment' && contains(github.event.comment.body, '[run review]')) || (github.event_name == 'pull_request' && !contains(github.event.pull_request.title, 'release') && !contains(github.event.pull_request.title, 'Release'))

coderabbitai · 2023-11-27T04:46:23Z

src/paper.py

            suffix = str(datetime.datetime.now()).strip()
-            imgname = f'image{pno + 1}_{suffix}.{image["ext"]}'
+            imgname = f'figure{pno + 1}_{suffix}.{image["ext"]}'


画像ファイル名にタイムスタンプを使用していますが、同じ秒に2つの画像が処理された場合、ファイル名の一意性に問題が生じる可能性があります。より正確なタイムスタンプまたは一意の識別子を使用することを検討してください。

coderabbitai · 2023-11-27T04:46:24Z

src/paper.py

+        suffix = str(datetime.datetime.now()).strip()
+        imgname = f"table{i + 1}_{suffix}.png"


_extract_tables関数も画像ファイル名にタイムスタンプを使用していますが、_extract_figuresと同じ問題が生じる可能性があります。より正確なタイムスタンプまたは一意の識別子を使用することを検討してください。

coderabbitai · 2023-11-27T04:46:24Z

src/paper.py

    # delete after refenrences
    reference_pos = max(


read関数は「References」セクション以降のコンテンツを削除しますが、"References"の単語のバリエーションがいくつかしか考慮されていません。"References"セクションを検索する方法を、より多くのバリエーションを含めるか、正規表現を使用することで強化することを検討してください。

coderabbitai

Review Status

Actionable comments generated: 0

Configuration used: CodeRabbit UI

Commits

Files that changed from the base of the PR and between 74998d8 and e3c4ad7.

Files selected for processing (1)

requirements.txt (1 hunks)

Additional comments: 1

requirements.txt (1)

1-12: 新しい依存関係が追加されたことを確認してください。また、これらのバージョンがシステムの他の部分と互換性があるかどうかを検証してください。

kassy11 added 4 commits November 27, 2023 11:00

feat: add coderabbit github actions

00db76f

feat: extract tables

5dec4e3

fix: ubuntu container for tables

6cded56

feat: extract by matplotlib

74998d8

Merge branch 'main' into feature/show_tables

e3c4ad7

coderabbitai bot reviewed Nov 27, 2023

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-RUN apt-get update
-RUN apt-get install -y ffmpeg libsm6 libxext6 libgl1 libglib2.0-0
-RUN apt update
-RUN apt install -y python3.10
-RUN apt install -y python3-pip
-RUN apt install -y ghostscript python3-tk
+RUN apt-get update && apt-get install -y \
+    ffmpeg \
+    libsm6 \
+    libxext6 \
+    libgl1 \
+    libglib2.0-0 \
+    python3.10 \
+    python3-pip \
+    ghostscript \
+    python3-tk

		suffix = str(datetime.datetime.now()).strip()
		imgname = f"table{i + 1}_{suffix}.png"

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